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数据量太大?用Python处理数据密度过大障碍

副标题#e# 当我们需要观察比较2个变量间的关系时,散点图是我们首选图表。 可当数据量非常大,数据点又比较集中在某个区间中,图表没法看,密密麻麻的怎么看? 怎么办?这时候就得看密度图了 什么是密度图? 所谓的密度图 (Density Plot) 就是数据的分布稠密情

副标题#e#

当我们需要观察比较2个变量间的关系时,散点图是我们首选图表。

 

可当数据量非常大,数据点又比较集中在某个区间中,图表没法看,密密麻麻的怎么看?

 

怎么办?这时候就得看密度图了

 

什么是密度图?

 

所谓的密度图 (Density Plot) 就是数据的分布稠密情况,它常用于显示数据在连续时间段内的分布状况。严格来说,它是由直方图演变而来,类似于把直方图进行了填充。

 

一般是使用平滑曲线来绘制数值水平来观察分布,峰值数值位置是该时间段内最高度集中的地方。

 

它比直方图适用性更强,不受分组数量(直方图的条形数量不宜过多)的影响,能更好地界定分布形状 。

 

本篇文章不谈论直方图,之后老海会专门总结关于直方图的使用。

 

什么是2D密度图?

 

说完了密度图和直方图,它们都是一维数据变量。

 

这下我们来看看2D密度图,它显示了数据集中两个定量变量范围内值的分布,有助于避免在散点图中过度绘制。

 

如果点太多,则2D密度图会计算2D空间特定区域内的观察次数。

 

该特定区域可以是正方形或六边形(六边形),还可以估算2D内核密度估算值,并用轮廓表示它。

 

本篇文章主要描述一下2D密度图的使用。

 

 

2D密度图的基本数据样式

 

2D密度图的使用建议

 

密度图是一种直方图的代替方案,常用来观察连续变量的分布情况

2D密度图主要用来解决数据点密度过大的问题,要注意密度分割是否合理。

当数据范围都非常集中,数据间变化不大时,密度图往往很难观察效果。

下面开始具体的操作案例

 

准备工作

 

还是和之前一样,引入必要的工具包

 

## 初始字体设置,设置好可避免很多麻烦 

plt.rcParams['font.sans-serif']=['Source Han Sans CN']      # 显示中文不乱码,思源黑体  

plt.rcParams['font.size'] = 22                              # 设置图表全局字体大小,后期某个元素的字体大小可以自行调整 

plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False                  # 显示负数不乱码 

## 初始化图表大小 

plt.rcParams['figure.figsize'] = (20.0, 8.0)                # 设置figure_size尺寸 

## 初始化图表分辨率质量 

plt.rcParams['savefig.dpi'] = 300                           # 设置图表保存时的像素分辨率 

plt.rcParams['figure.dpi'] = 300                            # 设置图表绘制时的像素分辨率 

 

## 图表的颜色自定义 

colors = ['#dc2624', '#2b4750', '#45a0a2', '#e87a59', 

         '#7dcaa9', '#649E7D', '#dc8018', '#C89F91',  

         '#6c6d6c', '#4f6268', '#c7cccf'] 

plt.rcParams['axes.prop_cycle'] = plt.cycler( color=colors) 

 

path = 'D:\\系列文章\\' 

# 自定义文件路径,可以自行设定 

os.chdir(path) 

# 设置为该路径为工作路径,一般存放数据源文件 

设定图表样式和文件路径

 

数据量太大?散点图装不下怎么办?用Python解决数据密度过大难题

Financial_data = pd.read_excel('虚拟演示案例数据.xlsx',sheet_name='二维表') 

Financial_data 

读入数据

 

数据量太大?散点图装不下怎么办?用Python解决数据密度过大难题

Financial_data = pd.read_excel('虚拟演示案例数据.xlsx',sheet_name='二维表') 

Financial_data 

常见的6种密度图表类型

 

 

from scipy.stats import kde  # 引入核密度计算方法 

 

 

# 为方便演示,创建6个子图的画板 

fig, axes = plt.subplots(3,2, figsize=(20, 20)) 

 

# 第一个子图,我们来画一个基本的散点图 

# 散点图是最经典的观察2个变量关系,但数据量非常大就会出数据点堆叠交错,当值我们无法进一步探索 

axes[0][0].set_title('散点图')                                           # 设置标题 

axes_0 = axes[0][0].plot(Financial_data['材料'], Financial_data['管理'], 'ko')    # 画出散点图 

 

 

 

# 第二个子图,我们画出六边形蜂巢图 

# 当寻找2个数值型变量的关系,数据量很大且不希望数据堆叠在一起,就可以按照蜂巢形状切割数据点,计算每个六边形里的点数来表达密度 

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num_bins = 50                                                      # 设置六边形包含的距离 

axes[0][1].set_title('蜂巢六边形图')                                # 设置标题 

axes_1= axes[0][1].hexbin(Financial_data['材料'], Financial_data['管理'],  

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                  gridsize=num_bins,                               # 设置六边形的大小 

                  cmap="Blues"                                     # 设置颜色组合 

                 ) 

 

fig.colorbar(axes_1,ax=axes[0][1])                                 # 设置颜色显示条 

 

# 第三个子图,我们画出2D直方图。 

# 我们您需要分析两个数据量比较大的数值变量关系时,2D直方图非常有用,它可以避免在散点图中出现的的数据密度过大问题 

num_bins = 50 

axes[1][0].set_title('2D 直方图') 

axes_2 = axes[1][0].hist2d(Financial_data['材料'], Financial_data['管理'],  

                  bins=(num_bins,num_bins),  

                  cmap="Blues") 

 

# fig.colorbar(axes_2,ax=axes[1][0]) 

 

  

# 第四个子图,我们画出高斯核密度图 

# 考虑到想研究具有很多点的两个数值变量之间的关系。可以考虑绘图区域每个部分上的点数,来计算2D内核密度估计值。 

# 就像平滑的直方图,这个方法不会使某个点掉入特定的容器中,而是会增加周围容器的权重,比如颜色会加深。 

k = kde.gaussian_kde(Financial_data.loc[:,['材料','管理']].values.T)           # 进行核密度计算 

xi, yi = np.mgrid[Financial_data['材料'].min():Financial_data['材料'].max():num_bins*1j, Financial_data['管理'].min():Financial_data['管理'].max():num_bins*1j] 

zi = k(np.vstack([xi.flatten(), yi.flatten()])) 

 

axes[1][1].set_title('高斯核密度图') 

axes_3 = axes[1][1].pcolormesh(xi,  

                      yi,  

                      zi.reshape(xi.shape),  

                      cmap="Blues") 

 

fig.colorbar(axes_3,ax=axes[1][1])                                  # 设置颜色显示条 

 

# 第五个子图,我们画出带阴影效果的2D密度图 

axes[2][0].set_title('带阴影效果的2D密度图') 

axes[2][0].pcolormesh(xi,  

                      yi,  

                      zi.reshape(xi.shape),  

                      shading='gouraud',  

                      cmap="Blues") 

  

# 第六个子图,我们画出带轮廓线的密度图 

axes[2][1].set_title('带阴影+轮廓线的2D密度图') 

axes_5 = axes[2][1].pcolormesh(xi,  

                      yi,  

                      zi.reshape(xi.shape),  

                      shading='gouraud',  

                      cmap="Blues") 

 

fig.colorbar(axes_5,ax=axes[2][1])                                  # 设置颜色显示条 

 

# 画出轮廓线 

axes[2][1].contour(xi,  

                   yi,  

                   zi.reshape(xi.shape)) 

 

plt.show() 

 

 

特别提一下:2D核密度估计图

 

 

sns.kdeplot(Financial_data['材料'],Financial_data['管理']) 

sns.despine() # 默认无参数状态,就是删除上方和右方的边框,matplotlib貌似做不到  

 

sns.kdeplot(Financial_data['材料'],Financial_data['管理'], 

            cmap="Reds",  

#p#副标题#e##p#分页标题#e#

            shade=True,                                    # 若为True,则在kde曲线下面的区域中进行阴影处理,color控制曲线及阴影的颜色 

            shade_lowest=True,                        # 如果为True,则屏蔽双变量KDE图的最低轮廓。 

#             bw=.15 

           ) 

sns.despine() # 默认无参数状态,就是删除上方和右方的边框,matplotlib貌似做不到  

 

 

之前介绍了散点图、热力图,这次的2D密度图,也是观察数据分布的好图表

 

它同样符合图表演变原则,符合直方图→1D密度图→2D密度图的变化过程

 

在解决数据点密度大,造成数据堆叠无法观察的问题上,密度图非常有用。

 

 

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作者: dawei

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